Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomer 42/Permentan/OT140/9/2006 tanggal 12 September 2006, Balai Besar Veteriner Denpasar mempunyai susunan organisasi sebagai berikut:

  1. Kepala Balai Besar Veteriner
  2. Bagian Umum
    1. Subbagian Kepegawaian dan Tata Usaha
    2. Subbagian Keuangan
    3. Subbagian Rumah Tangga dan Perlengkapan
  3. Bidang Program dan Evaluasi
    1. Seksi Program
    2. Seksi Evaluasi dan Pelaporan
  4. Bidan Pelayanan Veteriner
    1. Seksi Pelayanan Teknik
    2. Seksi Informasi Veteriner
  5. Kelompok Jabatan Fungsional
    1. Medik Veteriner
    2. Paramedik Veteriner