Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomer 42/Permentan/OT140/9/2006 tanggal 12 September 2006, Balai Besar Veteriner Denpasar mempunyai susunan organisasi sebagai berikut:
- Kepala Balai Besar Veteriner
- Bagian Umum
- Subbagian Kepegawaian dan Tata Usaha
- Subbagian Keuangan
- Subbagian Rumah Tangga dan Perlengkapan
- Bidang Program dan Evaluasi
- Seksi Program
- Seksi Evaluasi dan Pelaporan
- Bidan Pelayanan Veteriner
- Seksi Pelayanan Teknik
- Seksi Informasi Veteriner
- Kelompok Jabatan Fungsional
- Medik Veteriner
- Paramedik Veteriner