Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomer 42/Permentan/OT140/9/2006 tanggal 12 September 2006, Balai Besar Veteriner Denpasar mempunyai susunan organisasi sebagai berikut:

  1. Kepala Balai Besar Veteriner
  2. Kepala Bagian Urusan Umum
    1. Sub Koordinator Substansi Kepegawaian & TU
    2. Sub Koordinator Substansi Keuangan
    3. Sub Koordinator Substansi Penata Usahaan BMN
  3. Koordinator Substansi Program dan Evaluasi
    1. Sub Koordinator Substansi Program
    2. Sub Koordinator Substansi Evaluasi & Pelaporan
  4. Koordinator Substansi Pelayanan Veteriner
    1. Sub Koordinator Substansi Info Veteriner
    2. Sub Koordinator Substansi Pelayanan Teknik
  5. Kelompok Jabatan Fungsional
    1. Medik Veteriner
    2. Paramedik Veteriner