Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomer 42/Permentan/OT140/9/2006 tanggal 12 September 2006, Balai Besar Veteriner Denpasar mempunyai susunan organisasi sebagai berikut:
- Kepala Balai Besar Veteriner
- Kepala Bagian Urusan Umum
- Sub Koordinator Substansi Kepegawaian & TU
- Sub Koordinator Substansi Keuangan
- Sub Koordinator Substansi Penata Usahaan BMN
- Koordinator Substansi Program dan Evaluasi
- Sub Koordinator Substansi Program
- Sub Koordinator Substansi Evaluasi & Pelaporan
- Koordinator Substansi Pelayanan Veteriner
- Sub Koordinator Substansi Info Veteriner
- Sub Koordinator Substansi Pelayanan Teknik
- Kelompok Jabatan Fungsional
- Medik Veteriner
- Paramedik Veteriner