Berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian Nomor 279/Kpts/OT.050/M/06/2023 tanggal 05 Juni 2023, Balai Besar Veteriner Denpasar mempunyai susunan organisasi sebagai berikut: Kepala Balai Besar Veteriner, Kepala Bagian Umum, Ketua Tim Kerja Kepegawaian dan TU, Ketua Tim Kerja Perencanaan dan Keuangan, Ketua Tim Kerja Rumah Tangga dan BMN, Ketua Kelompok Mutu dan Informasi Veteriner, Ketua Tim Kerja Jaminan Mutu Layanan, Ketua Tim Kerja Informasi Veteriner, Ketua Kelompok Pelayanan Veteriner, Ketua Tim Kerja Surveilans dan Penyidikan Veteriner, Ketua Tim Kerja Pengujian, Diagnosis dan Penguatan Metode Veteriner